整腸作用，調整微生態失調，防治腹瀉；益生菌活著進入人體changdao內，通過其生長及各種代謝作用促進腸內細菌群的正常化，抑制腸內腐敗物質產生，保持changdao機能的正常。對病毒和細菌性急性腸炎及痢疾，便秘等都有治療及預防作用。益生菌和很多慢性胃炎，消化道潰瘍等消化道疾病有密切的關系。一部分的益生菌能抗胃酸，粘附在胃壁上皮細胞表面，通過其代謝活動抑制幽門螺旋桿菌的生長，預防胃潰瘍的發生。

緩解乳糖不耐癥狀，促進機體營養吸收；益生菌有助于營養物質在changdao內的消化。它能分解乳糖成為乳酸，減輕乳糖不耐癥。雙岐桿菌和乳酸桿菌不僅可以產生各種維生素如維生素B1、B2、B6、B12、煙酸和葉酸等以供機體所需，還能通過抑制某些維生素分解菌來保障維生素的供應。另外，雙岐桿菌還可以降低血氨改善肝臟功能。

預防感染；不少益生菌有酸化泌尿生殖道的作用。它可以通過降低pH值來抑制有害細菌的生長。還可以通過與有害細菌競爭空間和資源而遏制它們。

代謝產物產生生物拮抗，增強人體，益生菌可產生有機酸、游離脂肪酸、過氧化氫、細菌素抑制其它有害菌的生長；通過“生物奪氧”使需氧型致病菌大幅度下降，益生菌能夠定殖于粘膜、皮膚等表面或細胞之間形成生物屏障，這些屏障可以阻止病原微生物的定殖，起著占位、爭奪營養、互利共生或拮抗作用。并可以刺激機體的非特異性免疫功能，提高自然殺傷(NK)細胞的活性，增強changdao免疫球蛋白IgA的分泌，改善changdao的屏障功能。

緩解guomi作用；guomi是一種免疫疾病，是人體內免疫功能失調出現不平衡的狀況。有guomi體質的人當外來物質或生物體刺激免疫系統產生免疫球蛋白（IgE）數量過多，使其釋放出一種叫組織胺的物質從而引發guomi癥狀。益生菌療法是目前國內外流行輔助治療guomi的有效方法之一。能利用益生菌調節體內免疫球蛋白（IgE）抗體，達到緩解guomi的免疫療法。

降低血清膽固醇；可能與其調節和利用內源性代謝產物并且加速短鏈脂肪酸代謝有關。雙歧桿菌、乳桿菌的微生態制劑，服后可使膽固醇轉化為人體不吸收的糞甾醇類物質。從而降低膽固醇水平。

預防癌癥和抑制腫瘤生長等；乳酸桿菌能提高巨噬細胞的活性，并能防止腫瘤的生長。益生菌可抑制changdao內某些酶的活性，如β—葡糖醋酸酶、β—葡糖醛酸酶、尿素、酶、硝基還原酶、偶氮還原酶等。這些酶可能參與changdao內致癌物的形成。膽鹽經changdao碰到有害菌可能發生解離，就會產生致癌物質，容易引起腸癌。但益生菌可以抑制有害菌，即使有膽鹽的存在，致癌率也大大降低。

對高血壓的效果；乳酸菌產生的某些物質如γ-氨基丁酸（GABA）具有降低血壓的功效。還有一部分的益生菌能特異分解乳蛋白（酪蛋白），產生具有抑制引起血壓上升的酶（血管緊張素轉化酶，ACE）活性的多肽（如VPP和LPP）。常期飲用含有這種活性多肽的酸奶有防止高血壓的效果。