蛋白質是駝乳的重要營養物質，在駝乳的干物質中的含量為3.55%-4.47%，包括酪蛋白和乳清蛋白，其次是一些含氮的非蛋白類物質，如自由氨基酸（牛磺酸）、核苷酸、B族維生素以及合成這些物質的前體物質，如乳清酸。

乳蛋白的消化吸收率一般為97%-98%，屬完全蛋白。駝乳中含有人體必需的8種氨基酸，比例適當，且高于牛乳中的氨基酸含量。蛋白質能提供給機體營養，執行保護功能，負責機械運輸，控制代謝過程，輸送氧氣，防御病毒的侵襲，傳遞遺傳信息。

駝乳中不含或含少量的β-LG球狀蛋白，這種蛋白不易被人體消化，是人體對牛乳的過敏源，因此對于牛乳過敏者，駝乳也許是一種很好的替代品。另外，駝乳中富含保護性蛋白，這可以用來解釋為什么駱駝乳在炎熱的氣候和沒有低溫貯藏的條件下，可以保存天不變質；也可以為在一些國家將駱駝乳用來治療胃潰瘍和腹瀉及輔助治療肝病等傳染性疾病提供理論依據。

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