由于新生兒感染可能引起非常嚴重的后果，因此預防新生兒感染至關重要。而其中，醫院擔負著最重要的責任。

醫務人員進入新生兒室必須穿潔凈的工作服，戴口罩、換專用鞋；嚴格洗手，醫務人員每接觸一個新生兒前都要用皂液流動水認真洗手，探視人員也應如此；要保證室內環境無污染源、衛生死角；保潔工具要專用，并固定專門的水池或桶清洗；新生兒使用的各類醫療器械都要采用壓力蒸汽滅菌。

從普通人的角度來說，想要避免新生兒感染，首先要避免早產兒的出生。此外，孩子出生后，最好母乳喂養，這也是預防感染的重要環節，因為母乳可以增強嬰兒的胃腸道功能，提高其機體抵抗力。如果用奶瓶喂奶，一定要水煮消毒，用完后也盡量不要暴露在空氣中，可以放在固定的器皿中。